Ahogy a Fugazi és a Dischord records egyre népszerűbbé vált a korai '90-es évek underground indie köreiben, számos új zenekar jött létre. A Fugazi hangzását a Mission of Burma vagy a Hüsker Dü post-punk zenéjével elegyítő, új emo generáció bukkant fel.

Lehetséges, hogy a kulcsmomentum a Sunny Day Real Estate együttes Diary albumának 1994-es megjelenése volt. A Nirvana és a Soundgarden sikere után a Sub Pop kiadó ugyanis képessé vált arra, hogy az átlagos indie kiadványoknál szokásosnál sokkal szélesebb közönség figyelmét hívja fel az albumra, például a Rolling Stones magazinban megjelentetett hirdetésekkel. Az erős kiadói háttér néhány tévés fellépést is hozott a bandának, például a The John Stewart Show-ban. Ennek eredményeképpen az albumot széleskörű érdeklődés fogadta.

Ahogy egyre többen és többen ismerték meg az együttest (jelentős mértékben az ekkor még gyerekcipőben járó Interneten keresztül), megkapta az 'emo' cimkét. Figyelemre méltó tény, hogy noha a Fugazi nem emo zenekarként vonult be a köztudatba, a rajongók új generációja a jelzőt a korábbi hardcore jellegzetességekkel bíró stílusról erre az indie rockhoz közelebb álló stílusra ruházta át (a teljes "emo-core" jelző sem volt szokatlan a Sunny Day számára). Az emo terminus magyarázata közben számos rajongó osztotta a stílust a régi "hardcore emo"-ra és az új "indie emo"-ra.

A következő években az "indie emo"-nak kialakultak a legfontosabb központjai.Ezek közül a legjeelntősebb a Középnyugaton jött létre a '90-es évek közepén, jellemzően Chicago, Kansas City, Omaha és Milwaukee vonzáskörzetében.Ezek az együttesek nagyrészt a korábbi forrásokból merítettek, de még enyhébb zenét játszottak. Az emonak ez a típusa gyakorta "Midwestern emo" néven került említésre, fontosabb zenekarai a Boy's Life és a Cap'n Jazz. A következő években számos itteni zenekar vont magára jelentős figyelmet, így a The Promise Ring, a Braid, az Elliott, a Bright Eye, a Cursive és a The Get Up Kids.

Az arizonai Phoenix környéki területen is jelentős emo színtér formálódott. A Jimmy Eat World korábban punk-rockot játszó tagjai, a Fugazi és a Sunny Day Real Estate által inspirálva emo hatásokat vegyítettek a zenéjükbe, és kiadták a Static Prevails című albumot, ami az első nagy kiadónál megjelent emo lemez lett, köszönhetően annak, hogy a Jimmy Eat World már '95-ében leszerződött a Capitol Recordshoz.

Egyéb együttesek, amelyek követték az "indie emo" modellt: Christie Front Drive, Texas Is the Reason, Rainer Maria, Knapsack, Sense Field, Cross My Heart, Mineral, Pieballd, Jejune.

Furcsamód, ahogy az "indie emo" egyrejobban terjedt, számos más alkotás, amely másképpen nem került volna semmilyen kapcsolatba az "indie emo" színtérrel, a hasonló hangzásvilág miatt szintén megkapta az "emo" cimkét. Az iskolapélda erre a Weezer 1996-os Pinkerton albuma, amelyet évekkel később a '90-es évek egyik meghatározó "emo" kiadványának neveztek.

Ahogy a számos emo együttes az egész Államokra kiterjedő figyelmet vonzott, számos indie kiadó tett kísérletet arra, hogy bemutassa és dokumentálja a színteret. A kései ’90-es években számos emo együttes szerződött olyan indie kiadókhoz, mint a Jade Tree Records, a Saddle Creek és a Big Wheel Recreation. 1997-ben a California’s Crank! Records kiadott egy válogatást, amely a (Don’t Forget to) Breathe címet kapta, és olyan figyelemreméltó emo zenekarok egy-egy számát tartalmazta, mint a The Promise Ring, a Christie Front Drive, a Mineral, a Knapsack és a Seven Storey Mountain. 1998-ban, a Deep Elm elindította az Emo Diaries sorozatot, amelynek első részén egyebek mellett a Jimmy Eat World-től, a Samiamtól és a Jejunetól voltak hallhatóak számok. 1999-ben a K-tel adott ki emo válogatást Nowcore: The Punk Rock Evolution néven, amelyen többek közt a Texas Is The Reason, a Mineral, a The Promise Ring, a Knapsack, a Braid, az At The Drive-In és a Jawbox szerepeltek.

Mivel a késői ’90-es évek emo színtere inkább volt egy nagy nemzeti szcéna, mint a kisebb, regionális színterek összessége, nagy kiadók emo zenekarokat kezdtek szerződtetni, hogy kiaknázzák a stílus népszerűségében rejlő lehetőségeket. Számos zenekar ellenállt a csábításnak, a színtér független mentalitásához való lojalitásukra hivatkozva. Többen említették a nagy kiadóhoz szerződött Jawbox és Jawbreaker zenekarok félrekezeltségét és meg nem értettségét, mint indokot a távolmaradásra. A megkörnyékezett bandákban a felszínre jött konfliktusok a Texas Is the Reason és a Mineral esetében feloszlással jártak.

Az évtized végére az emo szó bekerült a mainstreambe. 1998 nyarán, a Teen People magazin az emót a legújabb „menő” zenei stílusnak titulálta, és a The Promis Ringet említette, mint olyan bandát, amit figyelni érdemes. A mainstream érdeklődése számos, a függetlenséget előtérbe helyező emo zenekart arra késztetett, hogy zeneileg irányt váltva eltávolodjon a stílustól. A következő években a Sunny Day Real Estate prog-rockosabb vonalat választott, a Jejune happy pop-rockra váltott, a The Get Up Kids és a The Promise Ring pedig lite-rock albumokat adott ki.

Noha az „indie emo” csaknem teljesen eltűnt az évtized végére, néhány együttes még mindig a Fugazi/Hüsker Dü vonalat követi, így a Thursday, a The Juliana Theory, a Jetplane landing és a Sparta is.